Abstract

GARDUNO JUAREZ, Ramón  and  MORALES, Luis B.. Memorias conformacionales en la predicción de estructura terciaria de polipéptidos. Rev. Soc. Quím. Méx [online]. 2003, vol.47, n.1, pp.6-21. ISSN 0583-7693.

Para reducir el espacio conformacional presente en la predicción de la estructura terciaria de polipéptidos, el cual crece exponencialmente con el número de residuos, hemos diseñado un algoritmo de búsqueda heurística que es robusto y que puede proporcionar estructuras cercanas a la nativa con relativa facilidad. Específicamente, hemos desarrollado un algoritmo genético híbrido (AGH) que usa números reales en lugar de bits para describir a los genes de cualquier cromosoma, y que incluye un operador de perfeccionamiento cuya función es reorientar la búsqueda hacia los individuos mejor adaptados. Al final de cada ciclo del AGH, un análisis de la población resultante indica la presencia de cúmulos bien definidos en los valores de ángulos de torsión para cada cromosoma. Estos segmentos corresponden a diferentes conformaciones de baja energía, y son relativamente constantes cada vez que se practica un nuevo experimento de AGH sobre la misma molécula. A estos segmentos les hemos llamado "memorias conformacionales", y son usados como los límites de un espacio conformacional reducido dentro del cual se realiza la siguiente ronda del AGH. El empleo de las memorias conformacionales acelera y afina la localización de la estructura correspondiente al Mínimo Global de Energía (MGE). Este algoritmo ha sido empleado para localizar con éxito el MGE de la Met- y la Leu-encefalina.

Keywords : Predicción de la estructura de proteínas; algoritmos genéticos; plegado de proteínas; búsqueda en el espacio conformacional; memorias conformacionales.

        · abstract in English     · text in Spanish     · Spanish ( pdf )