Abstract

ROMERO-VIVAS, Eduardo; VON BORSTEL, Fernando D.  and  VILLA-MEDINA, Isaac. Análisis de expresión genética en microarreglos utilizando algoritmos implementados en GPU. Comp. y Sist. [online]. 2013, vol.17, n.3, pp.357-364. ISSN 2007-9737.

Los microarreglos de ADN permiten analizar simultáneamente el nivel de expresión de miles de genes ante condiciones múltiples; sin embargo, la gran cantidad de datos generados representa un reto para su análisis y los hace un candidato ideal para el procesamiento masivo paralelo. Dentro de las tecnologías disponibles, el uso de cómputo en tarjetas gráficas de propósito general (GPGPU), es una alternativa eficiente, en términos de costo-efectividad, comparada con respecto a las unidades de procesamiento central (CPU). Este artículo presenta la implementación de algoritmos utilizando la arquitectura de cómputo unificada (CUDA), para determinar la significancia estadística en la evaluación de niveles de expresión génica para un experimento de hibridación de microarreglos, diseñado y llevado a cabo en el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C. (CIBNOR). Los resultados obtenidos se comparan con respecto a las implementaciones tradicionales.

Keywords : GPU; microarreglos; CUDA.

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